样本处理先于仪器
提取、酶切、标记和分级步骤都会影响最终谱图。
处理条件应进入样本表，而不是只留在实验人员的笔记中。
仪器批次会留下痕迹
运行顺序、校准、色谱柱状态和维护可能改变信号。
批次信息有助于区分生物变化与技术漂移。
仪器批次进入云端后，传输速度只是蛋白组工作的一项条件；就仪器批次而言，仪器批次对应的时间、处理、样本来源和批次是否完整，会直接影响任务能否复现，也决定团队是否可以安全地继续协作。
原始谱图需要稳定标识
重命名或移动文件时容易失去样本对应关系。
唯一编号和清单可以连接原始文件、搜索结果与定量矩阵。
数据库搜索依赖版本
蛋白序列库、修饰设置、酶切规则和误差范围影响鉴定。
只保存结果表而不保存搜索条件，会阻碍复核。
缺失值不能简单填平
蛋白未被检测可能来自低丰度、采样或算法条件。
处理方式应结合实验设计，不能把所有空值视为同一原因。
云端协作需要权限边界
原始数据、临床字段和发布结果具有不同敏感程度。
上传前应按项目许可和成员职责划分访问范围。
云端协作进入云端后，传输速度只是蛋白组工作的一项条件；就云端协作而言，云端协作对应的软件、参数、依赖和资源是否完整，会直接影响任务能否复现，也决定团队是否可以安全地继续协作。